The Sequence Manipulation Suite
Vamos trabalhar com ferramentas básicas do Sequence Manipulation Suite disponibilizadas pelo grupo Bioinformatics.org
Esse site disponibiliza diversas ferramentas básicas para tratamento de sequências.
Filter DNA – remove caracteres que não fazem parte do DNA (ATCG). Remove número e espácos em branco.
Existem diversos parêmetros para usar a ferramenta, que devem ser escolhidos de acordo com o que o usuário deseja.
Que tipo de caracter deve ser removido
Código de nucleotídeos em uma letra
Qual caractere colocar no lugar do caractere removido
Se deve mudar de minuscula para maiuscula, ou vice-versa
Filter protein – remove caractéres que não fazem parte de proteínas (20 aminoácidos). Remove número e espácos em branco
Que tipo de caracter deve ser removido
Código de aminoácido em uma letra
Qual caractere colocar no lugar do caractere removido
Se deve mudar de minuscula para maiuscula, ou vice-versa
Reverse Complement – retorna a sequência reversa e complementar de DNA.
Devido as regras de pareamento do DNA devemos olhar a sequencia complementar. Além disso o DNA é uma molécula antiparalela, então também devemos analisar a sequencia ditreta e reversa.
Codon Usage – O usuário insere várias sequencia de DNA codificador e a ferramenta retorna a frequência de codons nos genes.
DNA Pattern Find – encontra padrões na sequência. Pode ser inserido mais de uma sequ6encia no formato FASTA. O programa procura no sentido direto e reverso do DNA, retornando as posiçoes encontradas. Usar os [ ] para indicar variações de uma posição.
Fuzzy Search DNA – Encontra sequências iguais ou similares ao padrão pesquisado. Ferramenta útil para encontrar sítios e motivos que o usuários não tem certeza da sequências devido a mutações.
Parâmetros
Match value
Mismatch value
Gap value
Report the the top 5 hits.
Fuzzy Search Protein – Encontra sequências iguais ou similares ao padrão pesquisado. Ferramenta útil para encontrar motivos domínio que o usuários não tem certeza da sequências devido a mutações.
Scoring matrix
Gap penalty
Report the the top hits.
Translate – realiza a tradução da sequência de DNA. O usuário deve determinar qual é a janela de leitura, sentido e o codigo genético.
Código genético: The Standard Code
The Vertebrate Mitochondrial Code
Restriction Digest – Realiza a disgestão virtual do DNA usando uma, duas, ou três enzimas de restrição. Pode ser inserido mais de uma sequência, tanto linear quanto circular. Os fragmentos são ordenados por tamanho e tipo de enzima de restrição. Usado para saber qual o perfil de bandas esperado após a restrição
Restriction Summary – retorna as posições de corte das enzimas de restrição mais usadas. Usado para saber se uma enzima corta o seu fragmento de DNA.
Série Mutate
Mutate DNA – adiciona mutaçoes aleatóriamente na sequência. O usuário pode escolher o número de mutações e pode escolher se deseja preservar uma região no início e no final da seqência. Atenção, múltiplas mutaçoes podem cair no mesmo sítio.
Mutate Protein – adiciona alterações de aminoácidos aleatóriamente na sequência. O usuário pode escolher o número de mutações e pode escolher se deseja preservar uma região no início e no final da seqência. Atenção, múltiplas mutaçoes podem cair no mesmo sítio.
Série Random
Random Coding DNA – gera uma sequência de DNA codificador de proteína começando com ATG e terminando com codons de parada. O usuário pode escolher o codigo genético, comprimento em códons e número de sequências que serão geradas.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi
Random DNA Sequence
Random DNA Regions
Random Protein Sequence
Random Protein Regions
Serie Sample
Sample DNA
Sample Protein
Série Shuffle
Shuffle DNA
Shuffle Protein