Programa: Pós-graduação Mestrado em Biociências Biologia Funcional e Biotecnologia

Carga horária: 68 horas

Ementa: Histórico da Bioinformática. A complexidade da informação biológica frente ao volume de dados. Abordagem Computacional de Problemas Biológicos. Programas relacionados à Bioinformática. Alinhamento de Sequências de DNA e proteínas. Alinhamento Global, Alinhamento local. Diferentes formatos para armazenar a informação biológica (FASTA, GenBAnK, EMBL). Busca por similaridade com BLAST. Distância e Clustering de sequências biológicas. Construção de filogenias com métodos (UPGMA, Neighbor joining, Parcimônia, Probabilísticos).

No.
Conteúdo
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Vídeo
 Books



1
Introduction to Bioinformatics
1. The Sequence Manipulation Suite
2. Código de nucleotídeos em uma letra/Código genético
3. Amino Acid Abbreviations (IUPAC)
Intro to Bioinformatics



2
Comparação de sequências - DotPlot
 DotPlot - script
Understanding RNA folding energy dot-plots



3
Dynamic programming
1. Alinhamento global e local
2. Alinhamento - script
3. What is dynamic programming?
ADS1: Using dynamic programming for edit distance



4
Multiple alignment
1. MEGA
2. MUSCLE
3. MultAlin"
Influenza virus
Flavivirus polyprotein
HIV gp120
1. Bio 102 Bioinformatics & Genomics Lab Video 2: Mega
2. Editing sequence alignment using MEGA
 Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach - Chapter A05


5
Ferramentas para DNA
 1. VecScreen
2. NebCutter
3. Primer3
4. SMS2-Primes-Stats
 Primer 3 Plus tutorial



6
Ferramentas para proteína
 1. Physical/Chemical - ProtParam
2. Hydrophobicity - Protscale
3. Transmembrane - TMHMM; HMMTOP
4. Secondary structure - JPred; CFSSP
5. Coiled-Coils - COILS; COILED-COIL
6. Signal peptide - SignalP
7. GPI anchor - GPISOM; GPI Modification Site Prediction
8. Sequence file
1. Protein Structure Prediction and Determination
2. Protein Prediction I Beginners - "Genes proteins and chemistry"
Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics Chapter 4


7
Alignment Search Tool
1. BLAST QuickStart
2. BLAST
3. Blastn
4. BLASTp
5. BLASTx
BLASTn 
1. BLAST Results: Expect Values - part 1
2. BLAST Results: Expect Values - part 2
3. Webinar: A Practical Guide to NCBI BLAST on the Web
4. NCBI NOW Lecture 7. Using BLAST for Genomic Analysis

 Comparative Genomics: Volumes 1 and 2 - Chapter 9


8
Phylogenetic tree
 Reconstrução filogenética
Bootstrap
Hepatitis C virus -  polyprotein
Influenza virus
Flavivirus polyprotein
HIV gp120

Genomes. 2nd edition - Chapter 16
Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics - Chapter 2
Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics - Chapter 6


9
Biological databases
1. NCBI Nucleotide
2. NCBI RefSeq
3. NCBI Protein
4. NCBI UniGene
4. NCBI Genome
5. NCBI GEO
7. UniProt
8. Protein Data Bank - PDB
9. Ensembl
10. HUGO Gene Nomenclature
NCBI
UniProt
PDB



10
Microarray
Script