Programa: Mestrado em Genética e Biodiversidade Genética, Evolução e Conservação da Biodiversidade
Carga horária: 34 horas
Ementa: A disciplina tem como principal objetivo apresentar as ferramentas básicas utilizadas para a análise de dados de biomoléculas e sua interpretação e aplicação. Dentro desta abordagem, serão discutidos aspectos teóricos e práticos relevantes sobre o histórico da bioinformática, para que serve, como é feita e quem faz; noções básicas sobre as principais linguagens de programação e sistemas operacionais utilizados, introdução aos bancos de dados de DNA, RNA e proteínas e principais metodologias empregadas para o desenvolvimento de projetos genomas e transcriptomas, sua montagem e interpretação.
| Conteúdo | ||||||
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| Busca por similaridade | BLAST | blastn | blastp | blastx | ||
| Banco de dados de sequencias | GenBank | |||||
| Seminário | ||||||
| Alinhamento | Programação dinâmica: dynamic_programming | Alinhamento múltiplo | ClustalW | MUSCLE | Multalin | |
| Arquivos para alinhar: | hsp20.fas | APE.fas | protein.fas | especies.fas | especies_prot.fas | |
| Árvore | Reconstrução filogenética | Bootstrap | ||||
| Predições – Localização cellular e regiões imunogênicas | SignalP | TMHMM | BepiPred | NetCTL | MASP.fasta | TS.fasta |
| Clostridium botulinum A str. ATCC 19397 | NC_009697.faa | |||||
| Montagem de Genomas | pratica1 | pratica2 | ||||
| Análise de expressão gênica | Microarray | expressionData | ||||
| Seminários | ChIP-seq (Carla) | prostate-cancer (Cristian) |
Feriados:
17 e 19/04/2014 – Páscoa
21 e 24/06/2014 – São João
12, 13, 16, 17, 20, 23, 25/06 e 01, 05/07/2014 – Copa do Mundo 2014