Blastx

Vamos usar uma sequência DNA codificadora para fazer a busca em um banco de dados usando o programa blastx. O programa blastx faz a tradução da sequência query usando as seis fazes de leituras possiveis (3 foward e 3 reverse) e depois essas 6 proteínas produzidas são usadas na busca por proteínas similares. Por tráz desse processo quem faz a busca é o programa blastp.

Esse programa é muito utilizado para ajudar na busca da funçao da proteína codificada pelo gene. Como as protínas são mais conservadas do que os genes, fazer a busca usando sequências de proteínas torna a busca mais sensível, facilitando encontrar proteínas similares que estão codificas no DNA ao invés de fazer a busca usando somente a seqûencia de DNA contra um banco de DNA, sem nenhum tipo de tradução da informação codificada. Se a busca for somente por função da proteína codificada por um DNA é recomendavel fazer sempre esse tipo de busca para aumantar a sensibilidade.

Lista de códigos genéticos disponíveis no BLAST – Genetic codes

 Standard (1)

Vertebrate Mitochondrial (2)

Yeast Mitochondrial (3)

Mold Mitochondrial; … (4)

Invertebrate Mitochondrial (5)

Ciliate Nuclear; … (6)

Echinoderm Mitochondrial (9)

Euplotid Nuclear (10)

Bacteria and Archaea (11)

Alternative Yeast Nuclear (12)

Ascidian Mitochondrial (13)

Flatworm Mitochondrial (14)

Blepharisma Macronuclear (15)

Onde está o frameshift na sequência abaixo?

>coding_DNA
AGAAGAAGACATAGTAATTAGATCTGAAAATTTTACGAACAATGCTAAAACCATAATAGTACAGCTGAAGGAATCTATAAAAATTAATTGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATACCTATAGCAACGGGGGGAGCAATTTATGCAACAGGAGACATAATAGGAGATATAAGACAAGCACATTGTAACCTTAGTAGAGACCAATGGGATAACACTTTAAGCCAGCTAGTTACAAAACTAAGAGAACAATTTGGGAATAAACAATAGCCTTTAATCAATCCTCAGGAGGGGACCCAGAAATTGTAATGCACAGTTTTAATTGTGGAGGAGAATTTTTCTACTGTAATACAACACAGCTGTTTAATAGTACTTGGCCAACTAATAAAAAGTCTACTAACAAAACAGGAACTATCACACTCCCGTGCAGAATAAAACAAATTATAAACAGGTGGCAAGAAGTAGGAAAAGCAATGTATGCCCCTCCCATCAAGGGACAAATTAGATGTTCATCAAATATTACAGGGATATTCTTAACAAGAGATGGTGGTAACGCAAGCGATGAGACCGAGACCTTCAGACCTGGAGGAGGAAATA

Figura 1.

Figura2.

Figura 3.

Figura 4.

Figura 5.

Vamos verificar esse frameshift.

Primeiro vamos acessar a proteína mais similar do resultado da nossa busca usando o blastx. Agora vamos buscar a informaçao do DBSOURCE: AY077231.1. Esse código é a sequência de DNA que codifica a proteína mais similar a proteína traduzida da nossa query. Vamos alinhar a nossa query como DNA com o DNA codificador da proteína mais similar a nossa.

Vamos usar uma outra ferramenta, o bl2seq.

Colem a sequencia query no primeiro espaço

Colem o ID AY077231.1 no segundo espaço

Vejam o resultado do bl2seq

Encontrem onde está o frameshift na sequencia abaixo.

>coding_DNA2
ATGAGAGTGAAGGAGAAATATCAGCACTTGTGGAGATGGGGCACCATGCTCCTTGGGTTGTTGATGATCCGTAGTGCTGCAGACCAATTGTGGGTCACAGTCTATTATGGGGTACCTGTGTGGAAAGAAGCAACCACCACTCCATTTTGTGCATCAGATGCTAAAGCATATGATACAGAGGTACATAATGTTTGGGCCACACACGCCTGTGTACCCACAGACCCCAACCCACAAGAAGTAGTATTGGCAAATGTGGCAGAAAATTTTAACATGTGGGATAATAACATGGTAGAACAGATGCATGAGGATATAATCAGTTTATGGGATCAAAGCCTAAAGCCATGTGTTAAATTAACCCCACTCTGTGTTACTTTAAACTGCACTGATAAGATTAATAATACCAAAACTACTCCTAATAATACCAGTACTACTCCCCCTACCACTGTTACTCCTACTAGTAATAGCAGCATGACAGGAGAAGGAGAAATAAAAAACTGCTCTTTCAATATCACCACAGCCATAAGAGATAAGGTGCAGAGAGGATATGCATTGTTTAGTAAACTTTGATATAGTACCAATAGATAATGATAGAAATGATAGTACCAGCTATAGGTTGCTAAGTTGTAACACCTCAGTCATTACACAAGCCTGTCCAAAGGTATCCTTTGAACCAATTCCCATACATTATTGTGCCCCAGCTGGTTTTGCGATTCTAAAGTGTAACAATAAGACGTTCAGTGGAACAGGACCCTGTACAAATGTCAGCACAGTACAATGTACACATGGAATTAGGCCAATAGTATCAACTCAACTGCTGTTAAATGGCAGTCTAGCAGAAGAAGGGATAGTAATTAGATATGAAAATATCACAGACAATGCTAAAAGCATAATAATACAGCTGAATGAAACTGTACAAATTAATTGTACAAGACCCAACAATAATACAAGGAAAAGTATACCTATAGGACCAGGAAGAGCATTTTATGCAACAGGAGATATAATAGGAGATATAAGAAAAGCATATTGTAACATTAGTGGAGCAAAATGGAATAACACTTTAAAAAGGATAGCTTACAAATTAAAAGAACAATTTCCTAATAAAACAATAGTCTTTAAGCCCTCCTCAGGAGGGGACCCAGAAATTGTAATGCACAGTTTTAATTGTAGAGGGGAATTTTTCTACTGTAATACAACAAAACTGTTTGATAGTAGTTGGGATAATACTAATTTGAATAAAACTTGGAATAATACCTGGAATAAAAATAACTCTATCATACTTCCATGCAGAATAAAACAAATCATAAACATGTGGCAGGAAGTAGGAAAAGCAATGTATGCCCCTCCCATCGAAGGACCACTTTACTGTTTATCAAATATTACAGGGCTAATTTTAACAAGAGATGGTGGGAACGAAACTGATGGGAACAACACTGATGGGAATGAGACCTTCAGACCTGGAGGAGGGAATATGAGGGACAATTGGA