1. Faça a busca por similaridade para as sequência de DNA usando o BLAST e retorne a lista das 10 mais similares.
Para cada sequência anote as características abaixo.
| ID | Identidade | Match | Mismatch | GAP | e_value | cover | score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| - | - | - | - | - | - | - |
2. Faça um alinhamento múltiplo com clustalW usando a sequência de DNA e as 5 mais similares que a busca da questão 1 retornou. Anote as mutações encontradas da sequência comparada as outras 5.
3. Faça um par de primer para amplificar o seguimento colocando os parâmetros abaixos como ótimos.
| GC% | Tm | Comprimento do produto mín | Comprimento do produto óti | Comprimento do produto máx | Tamanho do Primer mín | Tamanho do Primer óti | Tamanho do Primer máx |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 50 | 55 | 150 | 250 | 350 | 18 | 21 | 25 |
Os outros parâmetros devem ser deixados com os valores padrão. O par de primer da sua resposta deverá ser o primer que melhor atende as condições dos parâmetros.
4. Faça a busca por similaridade para as sequência de proteína usando o BLAST e retorne a lista das 10 mais similares.
Para cada sequência anote as características abaixo.
| ID | Identidade | Similaridade | Match | Mismatch | GAP | e_value | cover | score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| - | - | - | - | - | - | - |
5. Faça um alinhamento múltiplo com clustalW usando a sequência de proteína e as 5 mais similares que a busca da questão 5 retornou. Anote as mutações encontradas da sequência comparada as outras 5.
6. Faça uma busca por similaridade no BLAST usando a sequência e retorne a similaridade encontrada. Faça comparação contra o banco de dados de nucleotídeo e também de proteína.
| ID | Identidade | Similaridade | Match | Mismatch | GAP | e_value | cover | score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| - | - | - | - | - | - | - |