Dotplot

Classificação do vírus Dengue 1 Viruses; ssRNA viruses; ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage; Flaviviridae; Flavivirus; Dengue virus group. Classificação do vírus Chikungunya Chikungunya virus Viruses; ssRNA viruses; ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage; Togaviridae; Alphavirus; SFV complex. Classificação do vírus HIV Human immunodeficiency virus 2 Viruses; Retro-transcribing viruses; Retroviridae; Orthoretrovirinae; Lentivirus; Primate lentivirus group.

#usando o pacote seqinr
 
#instalando o pacote
 
install.packages("seqinr", dependencies = T)
 
#carregando a biblioteca
 
library(seqinr)
 
#treinamento para usar o dotplot
 
dotPlot(seq1, seq2, wsize = 1, wstep = 1, nmatch = 1, col = c("white", "black"), xlab = deparse(substitute(seq1)), ylab = deparse(substitute(seq2)), …)
 
#Arguments (parâmetros)
 
seq1 – primeira sequência (eixo x) inserida como vetor de caracter único. seq2 – segunda sequência (eixo y) inserida como vetor de caracter único. wsize – tamanho da janela deslisante wstep – tamanho do passo da janela deslisante, Usar wstep == wsize para janela deslisante sem sobreposição nmatch – número de matches necessários para produzir um ponto no dotplot. tamanho mínimo 1, tamanho máximo = wsize. Quanto mairo o valor mais rigorosa é a análise retornando somente regiões altamente conservadas dentro da wsize. col – cores dos pontos xlab – rótulo do exixo x ylab – rótulo do exixo y main – título do gráfico
 
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#Exemplo# 
 
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#Exemplo1
 
#observar a identidade entre o segmentos na diagonal
 
dotPlot(letters, letters, main = "Repetições diretas")
 
#Exemplo2
 
#repetiçoes internas
 
dotPlot(rep(letters, 2), rep(letters, 2), main = "Repetições internas") #
 
#Exemplo3
 
#inversoes #
 
dotPlot(letters, rev(letters), main = "Inversão") #
 
#Exemplo4
 
#inserçoes na segunda sequencia #
 
dotPlot(letters, c(letters[1:10], s2c("insertion"), letters[11:26]), main = "Inserção an segunda sequência", asp = 1) #
 
#Exemplo5
 
# inserção na sequecia 1 #
 
dotPlot(c(letters[1:10], s2c("insertion"), letters[11:26]), letters, main = "Inserção an primeira sequência", asp = 1)
 



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#Comparacao do Virus Dengue# 
 
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#quais bancos de dados estão disponíveis
 
choosebank()
 
#escolhendo o nosso banco de dados
 
choosebank("refseqViruses")
 
#etapa 1
 
#baixando os dados da entrada AC=NC_001477 (Virus Dengue 1) dengue1
 
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#Comparacao do Virus Dengue e Chikungunya# 

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#mudando o banco de dados de pesquisa
 
choosebank("genbank")
 
#etapa 3
 
#baixando os dados da entrada AC=JX088705 (Virus Chikungunya ) Chikun 
 

 
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#Comparacao do Virus HIV# 
 
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#mudando o banco de dados de pesquisa choosebank("refseqViruses")
 
#etapa 4
 
#baixando os dados da entrada AC=NC_001722 (Virus HIV1 ) HIV1