» Bioinformática GeneBio – Genética e Bioinformática

Ementa: Princípios da Biologia Molecular. Similaridade, homologia e alinhamento de sequências. Algoritmos de alinhamento. Cadeias de Markov. Métodos de alinhamento múltiplos. Filogenia e modelos evolucionários. Busca em banco de dados biológicos.

Código: IMS029

Carga horária: 68 horas

Moodle
Cadastro: www.moodle.ufba.br
www.moodle.ufba.br/course/view.php?id=3019
Chave de inscrição: bioinfor

Bioinformática – Aula 1 The Sequence Manipulation Suite

Aula 1 – Formulário de aula

No.		Programas	ARQUIVOS	PRÁTICA	Vídeo	BOOKS
1	Alinhamento de sequências	MEGA Clustalw MUSCLE T-COFFEE	Myoglobin DNA CYTB DNA Myoglobin Protein H1 histone protein	Alinhamento de sequências clustaW vs MUSCLE	Multiple Sequence Aligners
2	Árvore filogenética	MEGA	GP63	Árvore Teste de modelo	Phylogenetic Trees
3	Banco de dados de sequencias	NCBI Uniprot Pfam PDB STRING GEO/NCBI KEGG	hemoglobin peptidase Insulin human coagulation factor VIII (FVIII) Erythropoietin Urokinase	Banco de dados
4	Busca de sequências por similaridade – BLAST	BLAST		BLAST 1 Seq1 Seq3 Seq5 BLAST 2		BLAST Identify 16S rRNA Sequences
5	Busca de sequências por similaridade – BLAST
6	Identificação de genes ab initio	ORFfinder GENESCAN	Seq_rand CASP9 IL4 TOP2A MELK LAMC2	Genes ab initio
7	Construção de primers	Primer3
8	Análise de microarray	GEO-NCBI
9	Análise de clusterização	Número de grupos Kmeans hclust Mclust Heatmap	básico exmpressão dados plotnumclust
10	Identificação de processos biológicos e vias	GO KEGG DAVID
11	Identificação de motivos em sequências de proteínas	Pfam
12	Estrutura de proteína
13	Rede de interação proteína-proteína	STRING Cytoscape	Simbolos de genes

Material adicional
Comandos básicos de linux https://www.youtube.com/watch?v=XgaE4VIaJqI&t=3s

No.	Conteúdo	Prática	Arquivos	Vídeo	Books
1	Introduction to Bioinformatics	1. The Sequence Manipulation Suite (SMS) 2.Nucleic acid notation 3.Amino Acid Abbreviations (IUPAC) 4. Genetic code		Intro to Bioinformatics	Basic linux commands
2	Genome assembly	FASTC Bowtie 64bits SAMtools Integrative Genomics Viewer – IGV	Roteiro Reference genome assembly Influenza A virus genome Influenza reads File 1 Influenza reads File2		BOOK1 BOOK2
3	Structural Annotation	1. SMS ORF Finder 2. NCBI ORFfinder 3. Tiny genome - Vertebrate Genome		Eukaryotic Genome Annotation Pipeline
4	Functional Annotation	1.BLASTn 2.BLASTp 3.BLASTx 4.PFAM Tiny genome - Vertebrate Genome		Eukaryotic Genome Annotation Pipeline
5	Functional Annotation Of Pathways	DAVID STRING KEGG bioDBnet – db2db	Malaria AGE TNF Malaria GeneSymbol
6	Biological networks	STRING Signor APID Cytoscape	Small network Medium network Large network
7	Reconstrução filogenética	1. Fazer alinhamento 2. Observar necessidade de cortes nas extremidades 3. Escolher o método de recontrução 4. Escolher o teste de confiança e replicas 5. Raiz 5.1 Árvore sem raiz 5.2 Árvore com raiz 5.2.1 Ponto médio 5.2.2 Grupo externo Arquivos fasta		Sequence - Evolution – Function: Computational Approaches in Comparative Genomics Chapter 4
8	Clustering	Número de grupos Kmeans hclust Mclust Heatmap	Agrupamento básico Agrupamento expressao Gene expression values
9	Prova Bioinformatica 2018
10	Data Bank	banco_dados	1. Retrieve Sequences for an Organism 2. Highlight Sequence Features
11	Comparação de sequências – DotPlot	DotPlot – script	Understanding RNA folding energy dot-plots
12	Dynamic programming	1. Alinhamento global e local 2. Alinhamento – script 3. What is dynamic programming?	ADS1: Using dynamic programming for edit distance
13	Multiple alignment	1. MEGA 2. MUSCLE 3. MultAlin" Hepatitis C virus – polyprotein Influenza virus Flavivirus polyprotein HIV gp120 sequencias	1. Bio 102 Bioinformatics & Genomics Lab Video 2: Mega 2. Editing sequence alignment using MEGA	Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach – Chapter A05
14	Ferramentas para DNA	1. VecScreen 2. NebCutter 3. Primer3 4. SMS2-Primes-Stats auladesexta	Primer 3 Plus tutorial
15	Ferramentas para proteína	1. Physical/Chemical – ProtParam 2. Hydrophobicity – Protscale 3. Transmembrane – TMHMM; HMMTOP 4. Secondary structure – JPred; CFSSP 5. Coiled-Coils – COILS; COILED-COIL 6. Signal peptide – SignalP 7. GPI anchor – GPISOM; GPI Modification Site Prediction 8. Sequence file	1. Protein Structure Prediction and Determination 2. Protein Prediction I Beginners – "Genes proteins and chemistry"	Sequence – Evolution – Function: Computational Approaches in Comparative Genomics Chapter
16	4
17	sequence
18	genomic
19	ORF	ORF-NCBI ORF-BioinfoORG
20
21	Alignment Search Tool	1. BLAST QuickStart 2. BLAST 3. Blastn 4. BLASTp 5. BLASTx	1. BLAST Results: Expect Values – part 1 2. BLAST Results: Expect Values – part 2 3. Webinar: A Practical Guide to NCBI BLAST on the Web 4. NCBI NOW Lecture 7. Using BLAST for Genomic Analysis	Comparative Genomics: Volumes 1 and 2 – Chapter 9
22	Phylogenetic tree	Reconstrução filogenética Bootstrap Hepatitis C virus – polyprotein Influenza virus Flavivirus polyprotein HIV gp120 sequencias		Genomes. 2nd edition – Chapter 16 Sequence – Evolution – Function: Computational Approaches in Comparative Genomics – Chapter 2 Sequence – Evolution – Function: Computational Approaches in Comparative Genomics – Chapter 6
23	Biological databases	1. NCBI Nucleotide 2. NCBI RefSeq 3. NCBI Protein 4. NCBI UniGene 4. NCBI Genome 5. NCBI GEO 7. UniProt 8. Protein Data Bank – PDB 9. Ensembl 10. HUGO Gene Nomenclature	NCBI UniProt PDB
24	Microarray	Script
25	Redes	STRINGDB DAVID

Bibliografia Básica

LESK, Arthur M. Introdução à Bioinformática, 2. ed. Porto Alegre, RS: Artmed, 2008. 384p. ISBN: 9788536311043
MOUNT, David W. Bioinformatics: sequence and genome analysis. 2nd. ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004. xii, 692 p. ISBN 0879696877.
WATSON, James D. DNA recombinante: genes e genomas. 3.ed. Porto Alegre, RS: Bookman, 2009. xxii, 474p. ISBN 9788536313757
PIERCE, Benjamin A.; MOTTA, Paulo Armando. Genética: um enfoque conceitual. Rio de Janeiro, RJ: Guanabara Koogan, c2011. xxvi, 774p. ISBN 9788527716642
SNUSTAD, D. Peter; SIMMONS, Michael J. Fundamentos de genética. 6. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, c2013. xviii, 760 p. ISBN 9788527722773
GRIFFITHS, Anthony J. F. Introdução à genética. 9. ed. Rio de Janeiro , RJ: Guanabara Koogan, c2009. xxv, 712 p. ISBN 9788527714976
What is bioinformatics? An introduction and overview
Bioinformatics—An Introduction for Computer Scientists
An Introduction to Bioinformatics Algorithms

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